Obtuvo la corona del martirio el 2 de octubre de 1989, siendo secuestrado en el regreso de una visita pastoral que realizó en la vereda Puerto Nidia del municipio de Fortul, Arauca, a manos de la guerrilla del ELN. Al ser detenido, le preguntaron “Quien es Jesús Emilio Jaramillo” Y Monseñor respondió: “Soy yo”, una afirmación llena del Espíritu Santo, que encarna en Monseñor la fuerza de Dios, que lo compromete hasta el extremo con su pueblo, porque “la pastoral llega a su culmen cuando se da la vida por los caminos”. Fue martirizado en la vereda de Santa Isabel, a la edad de 73 años.